Pelaajahahmojen mielen syövereihin on kätketty toinen persoona, jolla on oma tahto ja muistot. Näitä piilotettuja tietoisuuksia kutsutaan troijalaisiksi.

Kloonien kasvatuksen aikana istutettuihin muistisiirteisiin solutettu troijalainen piilee sotakarjun alitajunnassa, kunnes se vaihe vaiheelta aktivoidaan erilaisten aistiärsykkeiden avulla. Memeettisten lukkojen avautuessa hahmot alkavat muistamaan keitä alunperin ovat ja miksi heidät on solutettu sotakarjujen kehoihin.

Troijalaisten tarina ei ole aina sama. Vaikka pelaajaryhmän sisällä heränneiden sotakarjujen tavoite voi vaikuttaa samalta, joku troijalaisista voi olla terroristien soluttama salamurhaaja, toinen hyperkorporaation vakooja ja kolmas muukalaisten luoma keinotekoinen persoona, ja kullakin on oma henkilökohtainen tehtävänsä. Troijalaisen avautuminen täysin vie yleensä useita pelikertoja, mutta peli ei pääty tähän, vaan tästä vasta alkaa troijalaisen todellisen tehtävän suorittaminen. Kun se on suoritettu, hahmolle valitaan uusi tehtävä, joka johdattaa hahmon toimintaa.

Jokainen kampanja tarjoaa mahdollisuuden erilaiseen tarinaan ja halutessa muistot voidaan jättää sivuseikaksi tai nostaa pelin keskipisteeseen. Pelin suunniteltu painotus on jotain tältä väliltä, mutta ei aseta tiukkoja rajoja.